GNO3は、『機動戦士ガンダム』『機動戦士Zガンダム』『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』などの舞台である「宇宙世紀」ワールドを体感できる、マルチプレイヤー・オンラインゲームです。プレイヤーはMS部隊の隊長となって「一年戦争」「デラーズ紛争」「グリプス戦役」「ネオ・ジオン抗争」などの戦いに参加し、動乱の時代を戦い抜いていくことになります。

戦いは約13週間に渡って続き、やがて終戦を迎えます。そのあと時代は開戦時に戻って、また新たな戦いが開始されることになります。

高性能のMSを入手したり、パイロットを育成したり、また戦術や編成を工夫したりすることで、プレイヤーが率いる部隊はどんどん強力になっていきます。他のプレイヤーと協力し合えば、「宇宙世紀」の歴史を変えることさえ不可能ではありません
GNO3は基本的に、1週間を1つのサイクルとして進行していきます。1週間ごとに「ユーラシア反攻作戦」や「星の屑作戦」のような長期に渡る戦いが行われ、そのクライマックスとして「オデッサ作戦」や「コロニー落とし阻止作戦」といった“決戦”にあたる大規模任務が発生します。そうしたサイクルを13回繰り返すと、1つの「クール」が終了します。「クール」が終了するとワールドはリセットされ、新たなクールがスタートします。

※第3クールより、1クールの期間は約13週間に延長されました。

※新しいクールが始まると、機体やアイテム、部隊長や部下のレベル、補給ポイントや開発ポイントなどは全て初期化されます。しかしそれまでに獲得した戦功、改造パーツ、フォーメーションはそのまま引き継がれ、部下パイロットもそのまま残留します。
1週間ごとに行われる一連の戦いを「作戦」と呼びます。「作戦」は2日の準備期間と5日の作戦期間で構成されており、最後に大規模任務が発生して勝敗が決定されます。

作戦に関する情報は、ワールドマップ画面の左上に表示されます。陣営ごとに色分けされた「勢力ゲージ」が、現在の戦況を表しています。勢力ゲージは作戦期間中、各陣営のプレイヤーの通常戦闘や任務戦闘での戦果、競合任務の結果などによって、1時間ごとに変動します。

※大規模任務開始時の勢力ゲージは、そのまま大規模任務最終戦の「戦力ゲージ」の初期値となります。
このため、それまでの作戦で優勢だった陣営は、大規模任務最終戦でも有利に戦えます。
ワールドが「グリプス戦役」や「第一次ネオ・ジオン抗争」の時代に移行する際には、プレイヤーの所属する「陣営」の構成が変化します。

「グリプス戦役」への移行の際には、陣営の数が2つから3つに変化します。それに伴い、プレイヤーは事前に選択していた陣営に移動することになります。
たとえば、それまで「地球連邦」に所属していたプレイヤーは「ティターンズ」か「エゥーゴ」に、「デラーズ・フリート」に所属していたプレイヤーは「ジオン共和国(アクシズ)」か「エゥーゴ」に移動することになります。

「第一次ネオ・ジオン抗争」への移行の際には、陣営の数が3つから2つに変化します。この場合は、プレイヤーは「一年戦争」時代の所属に応じた陣営に移動することになります。
たとえば、「一年戦争」で「地球連邦」に所属していたプレイヤーはふたたび「地球連邦」に、「ジオン公国軍」に所属していたプレイヤーは「ネオ・ジオン」に移動することになります。

異なる陣営に移動したプレイヤーとはトレードが行えなくなり、コミュニケーションも取り難くなるので注意してください(チャット・メールは可能です)。
1クールは、以下の時代に分けられます。

・一年戦争
『機動戦士ガンダム』『機動戦士ガンダム 第08MS小隊』などの舞台となった戦いです。プレイヤーは「地球連邦」と「ジオン公国」の2陣営に分かれて戦います。約5週間に渡って行われます。
・デラーズ紛争
『機動戦士ガンダム0083』の舞台となった戦いです。プレイヤーは「地球連邦」と「デラーズ・フリート」の2陣営に分かれて戦います。約1週間に渡って行われます。
・グリプス戦役
『機動戦士Zガンダム』の舞台となった戦いです。プレイヤーは「エゥーゴ」「ティターンズ」「ジオン共和国/アクシズ」の3陣営に分かれて戦います。約4週間に渡って行われます。
・第一次ネオ・ジオン抗争
『機動戦士ガンダムZZ』の舞台となった戦いです。プレイヤーは「地球連邦」「ネオ・ジオン」の2陣営に分かれて戦います。約2週間に渡って行なわれます。
・第二次ネオ・ジオン抗争
『機動戦士ガンダム 逆襲のシャア』の舞台となった戦いです。プレイヤーは「地球連邦」「ネオ・ジオン」の2陣営に分かれて戦います。約1週間に渡って行なわれます。